对于小孩子肠痉挛，其实目前肠痉挛的病因还不是特别的明确，可能和饮食因素、胃肠道的积气，包括胃肠道的激素，或者其他的环境因素影响，比如寒冷、积热等等，这些因素有关系。另外，孩子的过敏体质、精神神经因素，也有可能会引起孩子发生肠痉挛。肠痉挛本身是一个非器质性病变，也就是并不是肠道结构有问题，多数是和结构无关的疼痛。
孩子在有过敏的时候往往会容易出现肠痉挛，另外有些孩子如果所处的环境太冷、饥饿状态下，也可能会出现肠痉挛，还有一些孩子可能会存在感染、暴饮暴食、食物中摄取的糖分特别高，甚至肠道寄生虫等等毒素的刺激，包括有些孩子可能会有紧张、焦虑、压力等精神因素，都可能导致发生肠痉挛。