如果是做普通的检查，都可能给病人带来一些不适，做胃镜主要出现的不舒服是恶心、呕吐，部分病人呕吐剧烈的时候还可有呕血，当胃镜进入食管的时候，就在咽喉部的时候，有些病人还可能出现呛咳，因此做胃镜不是舒适的检查。
做肠镜有哪些不舒服的地方呢？做肠镜要向肠腔内充气，这样才能看得清楚，但是一充气有些病人就会出现腹胀、腹痛等表现，因此很难比较到底是胃镜更不舒服还是肠镜更不舒服，只能说它们各有各的不舒服，也和病人的耐受性有关系。如果确实不能接受胃肠镜检查的痛苦，可以选择做无痛胃镜检查，也就是在做胃肠镜的过程中打一个静脉麻醉，在睡眠当中这两项检查都做完了，不会给病人带来什么痛苦。