食管癌的自然病程可以分为始发期、发展期、外显期和终末期。在发展期有报告：未经治疗的病例，自然症状从开始到死亡，平均的生存期是9.4-9.7个月。而终末期不治疗的患者生存期很短，平均生存期只有三个月。食管癌Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期的五年生存率，理论上报道分别为90%、50%、35.8%和16.9%。如果伴有局部淋巴结转移，阴性的患者五年生存率是33.7%，阳性的食管癌患者是10%。如果食管癌做了根治性或者是姑息性的切除，前者五年的生存率是33.7%，后者只有18.7%。