肾结石的病因很复杂，它不是单因素的，而是多个因素作用的结果。但主要是因为尿液，某些因素导致尿液中晶体的浓度升高，或者溶解度降低，尿液呈现过饱和的状态，结晶就析出，并在局部凝聚增大，最终形成结石。影响结石的形成的因素很多，包括年龄、性别、种族、遗传因素、饮食习惯和职业等等。另外机体的代谢异常，比如患者有某些代谢性的疾病，比如甲状旁腺亢进、糖尿病、皮质醇增多症、长期卧床、营养缺乏、尿路梗阻、尿路感染、尿路中异物，还有药物的错误使用，都是形成结石的常见病因。已知泌尿系结石有32种成分，但是最常见的是草酸钙的成分；其他的成分，比如磷酸镁铵、尿酸、胱氨酸、磷酸钙等等。肾结石很少有单独成分的结石，往往是两种或两种以上的成分，而以一种成分为主体。