先天性肛门直肠畸形手术需要住院几天取决于疾病的程度、手术的方式。如果是单纯的无肛，手术以后往往1星期就出院了。如果是直肠阴道瘘，建议住院时间要长一点，都要求住10天-15天左右。要检查是否真正的愈合，有没有感染，病人有没有便秘或者腹泻这种情况需要调理，避免手术失败。如果腹部开刀造瘘，可能需要住院半个月左右。