目前临床上对于各种疟疾的治疗，主要包括基础治疗和抗疟原虫治疗，基础治疗主要是一般支持及对症治疗，包括发作期及退热后24小时，应卧床休息，注意补充水分，抗疟原虫治疗是疟疾治疗的核心，选药原则根据诊断是否为恶性疟疾，血中疟原虫密度大小，病情轻重，是否来自耐药流行区，当地疟原虫的耐药类型，当地药的可及性来选择药物。
世界卫生组织建议使用青蒿素衍生物与另一种有效抗疟疾药物的联合方案，是目前最有效，并且可以避免疟原虫产生耐药性的方法，目前治疗疟疾的常用药物主要包括两大类：第一、杀灭红细胞内裂体增值期疟原虫的药物，可控制临床发作，主要品种有青蒿素及其衍生物，以青蒿素为基础联合药物治疗，是近年来全球疟疾控制取得成功的重要因素，可根据病情轻重或急缓，选用口服肌注或静脉注射，还有氯喹、盐酸甲氟喹、磷酸咯萘啶、哌喹等；第二、杀灭红细胞内疟原虫配子体和肝细胞内迟发型子孢子的药物，可防止疟疾的传播易复发，主要包括磷酸伯氨喹和萘酚喹。