卵巢畸胎瘤患者如果是单侧肿瘤，应行卵巢肿瘤剔除术，或者患侧附件切除术，双侧肿瘤的患者应行双侧卵巢肿瘤剔除术。
手术后可能会影响卵巢的功能，导致术后出现月经量的改变，比如月经量减少或者增多、闭经、更年期症状，可能影响生育功能。术后需用药调整月经，甚至是永久性的激素替代，可能出现药物替代治疗也无月经。
如果术后病理确诊为卵巢畸胎瘤，术后仍然有复发风险，需要定期复查来检查恢复的情况。