妇科疾病分很多种，所以每一种妇科病的病因是不一样的。一般来说分为妇科肿瘤、妇科炎症、妇科内分泌疾病、与妊娠相关的疾病和其它类别妇科疾病。妇科大部分肿瘤和其它肿瘤一样没有明确的病因，比如卵巢肿瘤、输卵管肿瘤等。有一些肿瘤则是可能与某些因素有关，比如子宫内膜癌可能与雌激素相关。有一些肿瘤则是有较明确的病因，比如宫颈癌与高危型HPV病毒感染密切相关。妇科炎症则主要发生在有性生活的妇女身上，可能与性生活卫生、防御功能下降，身体免疫力下降等等有关系。妇科内分泌疾病多是下丘脑-垂体-卵巢性腺轴的，某一个或多个节点出现问题，引起的妇科内分泌紊乱。与妊娠相关的疾病则是异常妊娠引起的。其它类别，比如子宫内膜异位症等等，病因并不十分明确。