阴茎结核的治疗主要是抗结核药物治疗，治疗原则是必须联合用药、足量、足疗程治疗，才能最终实现彻底治愈结核感染，这是长期持续性治疗过程。
一、药物治疗
1、异烟肼：临床应用最广泛的一线抗结核药物之一，具有较强的杀菌效果，尤其是对早期结核具有最强的杀菌力，对结核分枝杆菌细胞内外均具有杀菌作用。患者需要在医生指导下服用，以免引起恶心呕吐、食欲不振以及浑身无力等不良反应。口服易吸收，饭后服用。患者服用后，偶尔会发生药物性肝炎，因此肝功能异常者慎用，需要进行观察和定期复查肝功能。
2、利福平：用于各种结核病的初治与复治，可出现烧心、上腹不适、厌食、呕吐、恶心、腹泻、胃肠胀气等不良反应；本药有肝毒性，多发生在与其他结核药联合使用时，表现为肝肿大，严重者出现黄疸；严重肝功能不全患者和3个月以内孕妇禁用。
3、吡嗪酰胺：与其他抗结核药联合用于治疗结核病。发生率较高的不良反应为关节痛，是由于高尿酸血症引起，常轻度，有自限性。本品具较大毒性，儿童不宜应用。
二、手术治疗
切除结核病灶：阴茎包皮红肿较重可用抗结核药物治疗3个月后行病灶切除，尽可能切除病灶，保留阴茎。
三、其他治疗
配偶或者性伴侣需同时进行检查，如果发现有结核应同时治疗。