肠镜和胃镜的检查设备、检查部位、检查不适程度都是有很大区别的，胃镜和肠镜是消化系统疾病的常见检查方法，这两种检查方法的区别很大，两种检查使用的仪器不同。相对于胃镜，肠镜不仅检查的器械直径比较粗，并且长度也是很长的，可以完成整个肠道的检查。肠镜要用于检查直肠和结肠方面的疾病，可以用于检查大肠之内是否存在有肿瘤、溃疡。
胃镜主要是检查患者的食管、胃体、十二指肠，可以观察消化系统黏膜的颜色，在发现有不明肿物时可以提取活体组织进行病例检查，以帮助诊断疾病的性质。相对于胃镜检查，由于肠道系统比较曲折，所以在检查的时候有一定的难度，不少人会无法适应检查而造成痛苦。