家族性腺瘤性息肉病主要是由于遗传因素引起的，好发于有腺瘤性息肉病家族史者。此外，肠道菌群失调也可能会诱发该病的出现。
一、主要病因
遗传因素：该病是由5号染色体上的APC基因突变引起的常染色体显性遗传病，其经典表型以结肠和直肠中发生成百上千枚腺瘤性息肉为特征。
二、诱发因素
肠道菌群失调：目前有研究发现某些特殊细菌可以促进肿瘤发生，比如牛链球菌、梭状芽孢杆菌等；同时也存在一些抑制肿瘤生长的细菌，比如双歧杆菌和嗜酸乳杆菌，是寄生于人体内的益生菌。肠道微生物的代谢产物(脂肪酸、氧化三甲胺、次级胆汁酸等)可通过改变遗传学及表观遗传学进而促进结直肠癌的发生。