阿昔洛韦软膏不能治疗扁平疣，虽然阿昔洛韦是抗病毒药物，而且扁平疣属于病毒感染，但阿昔洛韦不常用来治疗疣。因为疣属于人乳头瘤病毒感染，和恶性肿瘤具有一定的相似性，主要危害在于不断复制造成局部的占位。对扁平疣的治疗以去除肉眼可见的疣体为第一目标，减少疣的复发为第二目标，需要强腐蚀性的药膏或者冷冻等物理治疗才能够达到效果。阿昔洛韦软膏对已经形成的扁平疣，几乎是没有任何治疗效果的。