咽峡炎是由柯萨奇病毒A引起，所以目前尚无特效的抗病毒药物，以对症治疗为主。注意休息、多饮水、保持室内空气流通，防止继发感染等。对于出现发热这样的症状，可以给予安瑞克、布洛芬等退热药。对于出现咳嗽的症状可以给予止咳药，对于继发细菌感染，患者出现白细胞升高，咽部脓苔、咳黄痰时可以根据经验选用青霉素类、头孢类或者大环内酯类抗生素。
16岁以下的患者禁止用喹诺酮类抗生素，还可以适当的给予抗病毒治疗，可以给予中药治疗，中药具有清热解毒功能，所以可以给予连花清瘟、清开灵等中药。对于儿童也可以给予广谱的抗病毒药物，如利巴韦林等。