肛瘘可能会复发，肛瘘总体的复发率在15%左右，不同类型的肛瘘，手术后的复发率也不相同，肛瘘按瘘管位置的高低，分为低位肛瘘和高位肛瘘，按瘘管以及外口的数量，分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，具体如下：
1、低位单纯性肛瘘，手术后的复发率非常低，接近为0；
2、高位复杂性肛瘘，由于瘘管数量偏多，而且瘘管走形相对复杂，可能有多个内口存在。手术中可能会遗漏瘘管以及内口的处理，一旦遗漏有可能会导致术后复发。
所以在临床上对高位复杂性的肛瘘，术前需要做检查，如核磁共振或腔内超声等。需在术前明确瘘管、内口的数量再行手术治疗，可降低术后复发率。