碘-131治疗最大的危害就是甲状腺功能减退症，碘-131治疗的原理主要是在衰变过程中通过释放β射线，β射线有较强的电离辐射能力，使部分甲状腺滤泡细胞变性和坏死，进而使甲状腺激素的合成和分泌减少，甲状腺的体积也随之缩小，就会达到治疗甲亢的目的。因此，碘-131治疗的主要并发症就是甲减。
碘-131是用于甲状腺肿大Ⅱ度以上，对抗甲状腺药物过敏、抗甲状腺药物治疗或者手术治疗以后复发的患者，以及甲亢合并心脏病，或甲亢伴白细胞减少、血小板减少或者全血细胞减少。还有甲亢合并肝肾等脏器功能的损害，拒绝手术治疗或者有手术禁忌症的患者。