埃博拉出血热的潜伏期为2-21天，一般为8-10天，尚未发现潜伏期有传染性。患者急性起病，发热并快速进展至高热，伴有乏力、头痛、肌痛、咽痛，并可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、皮疹等症状。病程第3-4天可进入极期，出现持续高热、感染中毒症状及消化道症状加重，有不同程度的出血，包括皮肤黏膜出血、呕血、咯血、便血、血尿等。
严重者可出现意识障碍、休克及多脏器受累，多于发病后两周内死亡，死于出血、多脏器功能衰竭等。患者的主要病理改变在皮肤黏膜和脏器的出血，多器官可见灶性坏死。