肾结石主要是因为尿液过度浓缩之后尿液结晶，在肾脏内形成结石团块而聚集在肾脏的肾盏、肾盂甚至输尿管等地方。肾脏结石的位置一般位于肾盏内，部分是因为肾盏开口比较狭窄，结石无法排出而导致局部堆积。
如果进入到肾盂内可能在肾盂输尿管交界处形成明显的梗阻，造成输尿管扩张、肾盂积水，引起肾绞痛、尿频、尿急甚至发热、寒战等全身的炎症反应。如果结石坠入到膀胱，在0.6-0.8cm左右则可以排出到体外。