肾盂肿瘤和输尿管肿瘤通常以手术治疗为主，并且辅助化疗、药物治疗，没有手术适应症者可以采取综合治疗。手术前医生会对患者进行身体状况评估、肿瘤的分级与分期评估，本病需长期间歇性治疗。
一、药物治疗
1、药物灌注：常用的灌注药物有丝裂霉素、表柔比星和吉西他滨，卡介苗是最有效的膀胱内免疫治疗制剂。药物灌注一般适用于肾输尿管根治手术以后，目的是为了防止手术后复发。另外，17%的患者合并膀胱癌，药物灌注对于膀胱癌的疗效较佳，也可以预防手术后膀胱癌的复发，同时药物灌注还可应用于原位癌。
2、全身化疗：手术前进行化疗，可以缩小癌肿的体积大小，使患者有手术治疗的指征。术后进行全身化疗，有助于预防疾病的复发。常用的化疗药物有顺铂、吉西他滨、阿霉素和紫杉醇等。
二、手术治疗
1、根治性肾输尿管切除术：适用于多发、体积较大、高级别病变或者影像学怀疑浸润性生长的肿瘤。标准的手术方法是切除肾脏以及全长输尿管，包括输尿管开口部位的膀胱壁。可以采用开放性、腹腔镜以及机器人辅助腹腔镜完成。
2、保留肾脏的手术：肿瘤细胞体积较小、分化良好、无浸润的带蒂乳头状瘤，尤其是对于孤立的肾，或者对侧肾功能已经受损严重的肾盂癌、输尿管上段癌，可以通过输尿管镜、经皮肾镜等内镜切除或者激光切除。对于输尿管中下段的肿瘤，可以做局部切除，尤其是输尿管远端的肿瘤，可以行肿瘤及远端输尿管切除后输尿管再植。
3、节段性输尿管切除术：主要应用于输尿管上段、中段、远端恶性程度低的肿瘤，或恶性程度高，但需要保留肾脏的情况等。仅切除肿瘤部位，尽可能保存其余部位。
三、放射治疗
可以控制局部情况，一般同化疗一起进行。
四、其他治疗
综合治疗：对于进展期的肾盂肿瘤和输尿管肿瘤，采取综合治疗，手术切除后给于系统性化疗或者放疗方案，晚期病人以系统性化疗为主。