寻常疣的治疗方法，根据寻常疣部位、大小、肥厚的程度而有不同的治疗方案。除了手足以外，其他部位寻常疣的疣体不是很大，也不是非常厚，可以采用药物治疗的方法，比如斑蝥素乳膏，含有鸦胆子成分的药膏等外用的方法，可以祛除一部分的寻常疣。
外用药效果不明显，可以采取激光烧灼、电离子、电灼、微波、冷冻等方法，对于特殊部位或者提到的物理治疗方法效果不好，也可以采用手术切除的方法。如果是手足部位的寻常疣，治疗起来要相对复杂，因为这个部位，特别是足部皮肤非常厚，用外用药的方式往往药物的吸收不是很透，外用药的效果不是非常有保证。
少数患者在疣体比较薄时可能还可以，但是多数外用药的效果不太好，需要采取物理治疗的方法，先选择冷冻治疗，这个方法做完治疗后不太影响手脚沾水的问题，比较好护理。还有一些比较顽固的要反复做冷冻，或者做过激光治疗以后还复发，可能要采取手术治疗的方法。