结肠炎的治疗可分为保守治疗和手术治疗，如果是因为饮食不当所导致的普通结肠炎，一般可以通过调整饮食结构，例如不吃过于辛辣的食物，如辣椒、辣条，尽量不要饮用含有酒精的饮料，不要大量饮用含有碳酸型饮料的饮品等，来进行治疗，并且可以口服一些调节肠道菌群的药物，例如贝飞达、思连康等。
还可以口服抗生素进行治疗，常用的有头孢类抗生素或者是喹诺酮类抗生素，例如头孢氨苄胶囊、左氧氟沙星等药物。
但是如果是较严重的结肠炎，例如溃疡性结肠炎时，有时会导致肠穿孔和长期大量便血，这需要行结肠部分切除，有时还需要行造瘘。所以无明显腹痛，又考虑有结肠炎时，需要及时去医院进行诊治，根据检查结果进行治疗。