绝大部分的甲状腺功能减退需要终身服药，甲减是由于各种原因，像甲状腺的手术，或者甲状腺的自身免疫性的炎症，像桥本甲状腺炎或者甲状腺进行了碘-131治疗甲亢，造成甲状腺组织终身被破坏，引起甲状腺合成、分泌甲状腺激素减少。在诊断以后，需要在医生的指导下选择左甲状腺素钠进行替代和补充治疗，在用药期间需要定期的监测甲状腺功能，帮助药物的调整，在治疗期间嘱咐患者，千万不要自己擅自减药或停药。
有些甲状腺功能减退是一过性的，比如亚急性甲状腺炎，可以出现一过性的甲状腺功能减退，随着亚急性甲状腺炎病情的好转，最后甲功恢复正常，不需要进行长期治疗。治疗甲亢的时候使用的抗甲状腺药物，可能会造成药物性甲减，随着甲亢治疗的痊愈，抗甲状腺药物停用以后，药物性甲减也会得到恢复，不需要长期、终身服药。有些产后甲状腺炎也可以出现一过性的甲减，随着产后甲状腺炎的恢复，也可以停药。同时还有妊娠期间如果出现亚临床甲状腺功能减退，在孕期可能需要治疗服药，在产后可能会根据情况考虑减药或停药。