鼻咽癌临床分为四期，其中Ⅰ、Ⅱ期即为早期，早期的主要症状是鼻塞、鼻涕中带血，伴有耳鸣、听力下降，一部分患者侵犯眼部会出现复视，侵犯颅神经会出现早期的头痛，而鼻咽癌到了中期就会伴有鼻出血，随着鼻咽部肿物的增大，出血会越来越严重，而鼻塞的症状也更加明显，中晚期还会出现明显的中耳炎症状。这是由于肿瘤侵犯了咽隐窝或者咽鼓管的圆枕区，肿瘤细胞压迫咽鼓管并分泌炎症，导致中耳炎，患者会出现耳鸣、听力严重下降，少数临床患者就是因为耳部症状而发现鼻咽部肿物。
此外随着肿物的增大，会堵塞鼻孔而导致机械性堵塞，其中在初发症状中，鼻塞的症状占15.9%，到了晚期患者还会出现剧烈的头痛。因为肿瘤持续侵犯颅神经导致，当然随着颅神经的侵犯，也会出现侵犯动眼神经，出现眼部症状，这说明肿瘤已经侵犯了眼眶或者眼球，引起患者的复视或视力下降、眼球充血水肿等，晚期鼻咽癌还会出现多发脏器转移，比如鼻咽癌肝转移、鼻咽癌肺转移、鼻咽癌脑转移，从而出现相应转移脏器的症状。