眼肌型重症肌无力一部分是可以自愈的，但是大多数患者三年内都会进展为全身型重症肌无力。药物治疗是最主要的治疗方式，于某些情况下也可能需要手术治疗，眼肌型重症肌无力主要的是药物治疗，急性期的时候服用胆碱酯酶抑制剂，这是治疗所有重症肌无力的一线用药，可以改善患者的临床症状，临床上常用的药物就是溴吡斯的明，主要是抑制突触间隙乙酰胆碱的重吸收，增加患者的肌力，但是用药的剂量每个人都是不同的。可以使用免疫抑制剂，临床上常用的包括糖皮质激素还有硫唑嘌呤这一类药物，根据患者的病情可能还会选择他克莫司或者环磷酰胺这一类药物。