支原体肺炎本身是由支原体感染所致，由于支原体感染本身有自限性，所以得了支原体肺炎，一定会治好。通常支原体损伤肺脏的间质，在纤毛上潴留引起过敏症状，并不会引起肺泡破裂。所以支原体肺炎相对来说，治愈后不会留下后遗症。
临床常用于治疗支原体肺炎的药物有红霉素，如果对红霉素不敏感，可以用阿奇霉素或喹诺酮类药物来替代治疗。总体来说，支原体肺炎，建议提高机体免疫力，如果机体免疫力强，治愈的速度也快，而且也不会复发。
目前针对支原体肺炎，除了有效应用抗生素之外，还有针对性的肺炎疫苗来预防。还有平时吃一些有助于身体健康、提高免疫力的药物，如转移因子等。