克罗恩病根据世界卫生组织制定的诊断标准：一、非连续性或区域性肠道病变；二、肠壁全层的炎症，病变伴有脓肿及狭窄；三、病变肠段黏膜呈现铺路石样或者重型的裂隙；四、结节性非干酪性肉芽肿；五、裂沟或瘘管形成；六、肛门的病变，包括一些难治性的溃疡，非典型的肛瘘或肛裂等。如果综上所说的六点，具有上述的一、二、三项者为可疑，再加上四、五、六项之一，可确诊，有一、二、三项中的两项，加第四项也可以确诊。但需要排除别的疾病，如溃疡性的结肠炎、肠结核、缺血性肠炎或者放射性肠炎，都是鉴别诊断。