甲状腺囊肿手术的痛苦是很小的。甲状腺手术通常采用全麻方式，手术过程中患者处于无意识状态，不会感受到疼痛。当手术结束，麻醉作用消失后，患者大多开始感觉到颈部切口疼痛及咽部，气管不适，术后的几天内这种不适感仍会持续，但随着恢复，这些不适感会逐渐减轻直至消失。但如果手术出现了并发症，如神经损伤，旁腺损伤，则有可能会给患者造成永久性的后遗症，会增加患者的痛苦。