治疗肠炎最重要的是补充水和电解质。通常患者只需卧床休息，并饮用足量的水分如口服补液盐溶液即可。哺乳期的婴儿应继续哺乳。碳酸饮料、茶、运动饮料、含咖啡因的饮料以及果汁并不适合于补液。如果腹泻持续时间较长或有严重脱水者，必须进行静脉补液。由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生成，即使肠炎的致病菌已经明确，抗生素通常也不建议使用。但某些病原菌，如志贺菌、霍乱弧菌等感染或者患者有旅途中腹泻，可使用抗生素。对于病菌感染所致的肠炎抗生素效果不明显，其中感染所致的肠炎使用抗寄生虫药物进行治疗。