扁桃体实际上在人体当中有很多，耳鼻喉科的扁桃体也有几种，一种是最常见的，位于口咽部腭舌弓和腭咽弓的窝里，这个窝叫扁桃体窝或者叫腭扁桃体窝，一般在口腔的两侧的扁桃体称为腭扁桃体，通常简称扁桃体。还有其他部位的，如咽骨管的部位，叫做咽骨管扁桃体，是咽鼓管表面的腺体组织，具有一定的免疫作用。
还有舌根部的扁桃体，也是淋巴组织，叫舌根扁桃体。扁桃体实际上是形态学的概念，这几个部位因为同时具有免疫作用，根据部位加上形态给予命名，只是扁桃体是最常见的或者病变最为常见的，所以经常简称扁桃体。