先天性甲状腺功能低下的病人，越早治疗效果就越佳。新生儿疾病筛查的逐步开展，使病人有可能在出生后1-3周内，就可以得到确诊和治疗。若出生时发现了明显的宫内甲低存在，如骨龄明显延迟、甲状腺激素水平较低、甲状腺缺陷等，对智商的影响具有高度的危险性，遗传性神经系统后遗症比较大，就需要早期治疗。先天性甲状腺低下的治疗，应该一次性给足量的药物，使血中的甲状腺激素维持在正常的高值水平。