腘窝囊肿的术后并发症有以下几个：1、较为常见的囊肿术后并发症是皮神经损伤，腘窝囊肿的手术过程中较容易损伤到腘窝处的皮神经，从而引发局部皮肤感觉减退，甚至感觉丧失，但不会影响下肢运动。2、腘窝囊肿手术后还容易导致术区感染，同术中消毒不彻底、手术操作不精密，以及术后抗炎治疗不及时有明显关系。3、腘窝囊肿术后还可能会导致深静脉、动脉以及运动神经损伤，但较为少见。