川崎病可以痊愈，川崎病是自限性疾病，多数预后良好。但未经治疗的患儿并发冠状动脉瘤者可达20%-30%，即使应用大剂量丙种球蛋白静脉注射治疗，仍有15%的患儿发生冠状动脉病变。经及时诊断治疗，目前病死率已降至0.5%左右，约1%-2%的患儿可再发。并发冠状动脉瘤的高危因素有男孩年龄一岁以下或八岁以上，发热持续两周以上或者再次发烧，心脏扩大，有心律失常，血红蛋白<80g/L且持续不恢复。白细胞>16-30×10^9/L，血小板>10000×10^9/L，血沉>100mm/h或复发的病例持续约五周以上，仍不下降。
无冠状动脉病变患儿已出院后，一个月、三个月、半年、一年各进行一次全面检查，体检包括心电和超声心动图。有冠状动脉损害者，应密切随访，即出院后一个月、三个月、半年均应作随访检查。半年后6-12个月，复诊一次，直到冠状动脉扩张和冠状动脉瘤消失。应用丙种球蛋白的患儿，11个月内不宜进行麻疹、风疹、腮腺炎等疫苗的预防接种。