隐匿性阴茎的治疗主要包括了观察等待和手术矫正，肥胖而隐匿性阴茎经减肥可明显改善，12-14岁以后，儿童体内雄激素水平逐渐提高，阴茎发育较快，阴茎外观变化较大，加之会阴部脂肪的重新分布，绝大多数小儿隐匿性阴茎，会随着年龄的增加而自愈。
对于青春期以后仍无明显好转的隐匿性阴茎，可以行手术矫正，手术主要是切除阴茎肉膜层束缚阴茎的纤维束带组织，以及肥厚的阴阜脂肪垫，使阴茎完全松解，充分伸直，并将阴茎皮肤和筋膜固定的阴茎上以防退缩，因此隐匿性阴茎的手术治疗，建议是在青春期以后，在此之前主要是以观察等待为主。