扁平疣在自愈的时候有几种情况：
第一种是扁平疣的皮损渐渐的缩小、干枯、表面起屑，然后脱屑，慢慢的皮损去除，留下淡褐色的色素斑。
另外一种情况就是治疗上最希望出现的情况，也就是患者皮损部位的数量短期内突然增多，皮损的表面发红、肿胀，然后有瘙痒或者是比较剧烈的瘙痒。
如果发现这种情况，就要恭喜患者扁平疣大概离全部脱落的时间已经不远了，一般大概是一周左右的时间，就会大片的甚至是全部的脱落，然后留有炎症后的淡褐色的色沉就慢慢恢复了。这是一种非常好的现象，也是在临床治疗中希望出现的一种征兆。