治疗神经官能症可以吃一些安眠的药物，主要有长效的氯硝安定、中效的舒乐安定以及短效的阿普唑仑或者思诺思、佐匹克隆等等，可以改善睡眠和焦虑的症状。
还有就是5-羟色胺再摄取抑制剂，主要有西酞普兰、巴氯芬，还有氟西汀、帕罗西汀、舍曲林等等，可以改善焦虑、肌肉收缩以及抑郁、强迫症状。还有一些躯体症状比较明显的患者，可以用去甲肾上腺素再摄取抑制剂，主要有文拉法辛、米氮平，可以改善躯体症状和睡眠障碍引起的这些症状。