肛门息肉手术不是特别痛苦，因为这种手术多数是采用骶管麻醉或者局麻的方式来进行操作，一般没有明显疼痛感，但是肛门息肉手术之后，由于排便刺激，也可能产生相应的疼痛，这种疼痛能够耐受。对于疼痛比较严重的患者，也可以考虑应用一些长效的麻醉药物来进行肛门局部填塞或者注射，这些都有助于减轻手术后的疼痛。
因此，对于肛门息肉的患者，最好到正规的肛肠科来进行治疗，通过医生的判断，选取合适的手术方法，包括局部的切除、结扎法、圈套法、电灼伤，这些方法都有助于治疗肛门息肉。