盆腔子宫内膜异位症最常见的临床症状是疼痛，疼痛可以表现为痛经，痛经都是继发性的，而且随着病变进展会进行性加重。典型的痛经是在月经来前1-2天出现，月经的第1天最剧烈，然后逐渐减轻。另外，少数病人还会出现慢性盆腔疼痛，在月经期间加重。有1/3的女性会出现性交疼痛，大多是由于子宫内膜异位症，异位在直肠凹陷里引起的。有的女性会出现月经的异常，表现为月经量多、经期延长，大约有一半女性还会出现不孕。