甲状腺炎有多种，其中部分亚急性甲状腺炎、急性化脓性甲状腺炎是可以自愈的，而其他类型的甲状腺炎，如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，放射性甲状腺炎是需要进行治疗的，而且需要终身治疗。慢性淋巴细胞性甲状腺炎导致甲状腺功能亢进，需要使用抗甲亢药物进行治疗，代表药物是甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶。当慢性淋巴性甲状腺炎导致甲减时，需要使用甲状腺激素替代治疗。