三个月的宝宝睡觉头不停的摇可能是生理性因素的影响，还可能是疾病因素造成的。生理性的因素，像环境温度比较热、孩子穿的衣服比较多，或者盖的被子比较厚。因为新陈代谢本身就很快，所以在三个月的时候过度的外界环境升高以后容易造成孩子头部出汗的现象。出汗之后孩子会觉得头部比较痒，会有不停的摇头动作。可以看一下孩子是否头部汗比较多，如果是这样的话可以适当的减少环境温度。除了这种情况还有可能是疾病造成的，像维生素D缺乏以后引起的佝偻病，也可以表现夜间多汗，容易出现这种摇头的动作。除了多汗以外，还要注意孩子是否存在夜惊、易惊、睡眠不安，如果是这样应该给孩子补充维生素D，缓解维生素D缺乏引起的佝偻病。当然还有可能是因为孩子头部局部的疾病问题，像头部出现湿疹、皮疹或者耳部的不适，都可能会造成孩子头不停的摇动的现象，一定要结合孩子的全身的表现进行诊断和处理。