阴道微生态平衡被打破之后，可能会导致阴道感染发生。雌激素水平低下的婴幼儿及绝经后人群，可发生婴幼儿外阴炎及萎缩性阴道炎。
阴道的酸性环境被改变，如频繁性交，性交后阴道pH值可上升至7.2，并维持6-8个小时。阴道灌洗等均可使阴道pH升高，不利于乳酸杆菌的生长。若厌氧菌过度生长，可导致细菌性阴道病，长期应用广谱抗生素可抑制乳酸杆菌生长。若真菌过度增殖和导致外阴阴道假丝酵母菌病，外源性病原体，如阴道毛滴虫的侵入，可导致滴虫阴道炎。