巧克力囊肿手术大约在3-5年之内可能会复发，取决于不同的人以及疾病的不同严重程度。对于单发性的早期巧克力囊肿，大多数在手术进行的过程中能够将囊肿完全剔除干净，术后复发的机会并不大，可能不到20%。
绝大多数女性在剔除了巧克力囊肿之后，可能会涉及到发生妊娠、哺乳等，本身对于巧克力囊肿也是一种抑制复发的状态。另外，对于比较多发的巧克力囊肿或者病程时间比较长，在手术过程中可能很难以将残存的病灶一并清除出去。当有残存的病灶时，术后还有可能会随着月经逐渐来潮，大约在3-5年之内可能会复发。正是考虑到比较高的复发几率，对于有高危因素或者考虑术后复发可能性较大的患者，术后会给予GnRH-a，即促性腺激素释放激素激动剂，这是一种人工合成的化合物，对于女性卵巢所分泌的雌激素、孕激素以及卵巢周期性排卵，都会有一定的作用。在这种状态下，能够在很大程度上抑制巧克力囊肿这类的子宫内膜异位症，在短时间内的反复发作。
巧克力囊肿术后，建议患者一个月内禁止性生活及盆浴，避免剧烈运动以及从事体力劳动，预防感染，并且定期进行复查。