舌下囊肿应考虑与气滞血瘀有关，应给予行气活血治疗。舌下囊肿应根据所在的部位区分气滞血瘀所在的经脉，如果位于舌下正中间，应考虑为任脉气血受阻，建议给予任脉上针刺治疗。
如果是囊肿位于舌下两侧，应当考虑为肝胆经受阻造成的，多会伴有情志的抑郁、咽喉部异物感、乳房疼痛、月经量少延期等症状，应当给予疏肝行气治疗，可在肝经或者胆经上给予针灸治疗。
也可选择口服中药治疗，以活血行气、消肿散结为主，药物可选择川芎、香附、天花粉、厚朴、柴胡、夏枯草、三菱、莪术等。应根据具体部位对症治疗，效果最好。