藏红花的副作用主要是活血、出血加重。在临床中，有些人是不能够应用藏红花的，比如孕妇、月经期间的女性，还有慢性失血的患者，都应该禁止应用藏红花。对于孕妇，藏红花能够兴奋子宫，使子宫的收缩，孕妇应用藏红花，有流产的风险，而且还会有滑胎的风险，所以禁止使用。
对于经期的女性，用藏红花会使流血更多，而造成气血虚弱，使身体虚损。对于慢性失血，比如牙龈出血，还有溃疡、胃溃疡出血等，用藏红花会使出血加重，影响气血，对于疾病的预后都非常不好。