在怀孕三个月的时候终止妊娠，肯定是有风险的。怀孕三个月的时候胎儿的发育已经成形，已经不能够在门诊做人工流产以及药物流产手术了。在这个时候做流产手术是需要住院的，一般情况下是先吃药流的药物，然后再进行清宫的手术，手术过程中间有发生出血和感染的风险。
另外在手术之后，也需要适当用促进子宫收缩的药物来促进身体的恢复。因此如果确实是有特殊的原因，需要在三个月终止妊娠，建议一定要去正规的医院做手术，另外在手术之后要好好休息、注意卫生、加强营养、预防感染。