子宫内膜异位症的临床表现，因人和病变部位的不同而多种多样。症状特征与月经周期密切相关，有25%的患者无任何症状。常见的有下腹痛和痛经。疼痛是内膜异位症的主要症状，典型的症状为继发性痛经，进行性加重。疼痛多位于下腹部、腰骶及盆腔中部，有时可放射至会阴、肛门及大腿，常于月经来潮时出现，持续整个月经周期。疼痛严重程度与病灶的大小不一定成正比。严重的卵巢异位囊肿患者可能并没有疼痛，而盆腔内小的散在病灶，却可引起难以忍受的疼痛，少数患者可表现为持续性的下腹痛，经期加重。另外还可能导致不孕。内膜异位症的患者不孕率高达40%。引起不孕的原因复杂，比如盆腔微环境的改变，影响精卵结合及运动，免疫功能异常，导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常的代谢及生理功能。其次，还有性交不适、月经异常以及其他的不适症状。盆腔外任何部位有异位内膜种植生长时，均可在局部出现周期性的疼痛出血和肿块，并出现相应的症状。