小儿腹泻的主要原因可能是消化道系统尚未发育完全，患儿生长发育速度较快需要吸收大量营养物质，消化道负担较重，同时患儿的免疫系统尚不完善，抵御外界病原体入侵的功能较差，所以引发腹泻。
一、主要病因
1、感染因素：
（1）可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起，主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。
（2）使用抗生素也可引起腹泻，常表现为慢性、迁延性腹泻。由于长期使用广谱抗生素，一方面使肠道有害菌大量繁殖，另一方面使双歧杆菌等有益菌减少，微生态失衡而出现腹泻。
2、非感染因素：
（1）饮食护理不当，多见于人工喂养儿，喂养不定时或过早喂给大量淀粉或脂肪类食品，以及断奶后突然改变食物品种，均能引起轻、中度腹泻。
（2）气候突然变化、腹部受凉等均易诱发腹泻。
（3）过敏以及乳糖不耐受也可导致小儿腹泻。
二、诱发因素
1、消化系统发育不成熟：婴幼儿时期，胃酸及消化酶分泌不足，消化酶的活性较低，神经系统对胃肠道调节功能较差，不易适应食物的质和量，且生长发育快，营养物质的需要相对较多，胃肠道负担较大，消化功能经常处于紧张状态，易发生消化功能紊乱。
2、机体防御功能较差：婴幼儿时期免疫功能相对不够成熟，胃肠屏障功能较弱、胃酸分泌量少、胃肠排空较快、对感染因素防御功能差。新生儿出生后尚未建立完善的肠道正常菌群，对侵入肠道的病原微生物拮抗能力弱，人工喂养者食物中缺乏母乳含有的大量免疫物质。