鳃裂瘘管只有通过手术彻底切除囊壁和瘘管，才能达到治愈和避免复发的目的。合并感染者，应在控制感染后再行手术。
一、药物治疗
可用碘油、三氯醋酸等烧灼瘘管、电灼瘘管，以及盐酸奎宁、25%水杨酸冲洗瘘管，这些方法主要用于不适合或暂缓手术治疗病人的临时性处置。
二、手术治疗
1、第一鳃裂瘘管：择期手术完整切除病变是保证治愈的唯一途径，手术可在注射染料的指示下或探针的引导下进行。在外科切除病变的过程中，面神经必须首先得到充分暴露并确认，以免损伤面神经而引起暂时或永久性的面瘫；创面修复时，有可能需要—个翻转皮瓣。
2、第二、第三及第四鳃裂瘘管：手术切除囊肿、瘘管和受累的皮肤，术前可瘘管口注射亚甲蓝以指导手术，对于复发者可采用功能性颈廓清手术。