丙肝病毒的潜伏期是2周～6个月，平均40天。丙型肝炎在感染第一周即可从血液或感组织中用PCR法检出丙肝病毒。第2周开始，可检出丙肝抗体。少部分病例感染3个月后才检测到丙肝抗体。丙肝感染后易慢性化，超过50%的丙肝感染者转为慢性。血浆中的丙肝浓度约为10的2次方到10的8次方。丙型肝炎病毒RNA阳性是病毒感染和复制的直接标志。