原发性骨质疏松症的病因目前尚未明确，但是由于性激素、活性维生素D缺乏，可以导致骨吸收增强。在雌激素缺乏的时候，可以使破骨细胞功能增强，出现骨丢失加速。雌激素会减少降低骨骼对力学刺激的敏感性，因此绝经时间越早，雌激素缺乏越严重，骨丢失的量也越多。
在消瘦的妇女中，更容易患骨质疏松症，并伴有骨折。雄激素缺乏在老年性骨质疏松的发病中，也占到了一定的作用。维生素D缺乏主要是由于高龄以及肾功能的减退，导致肠钙吸收和1,25-二羟维生素D3的生成减少，也可以导致骨转换率加速和骨丢失。