鹅口疮为白色念珠菌所引起，但白色念珠菌在健康婴幼儿的口腔里也常可发现，但并不致病。其是否发病主要取决于机体的适应性和抵抗力，如患儿有营养不良、腹泻及长期使用抗生素、肾上腺皮质激素等，这些诱因加上乳具污染，便可引起鹅口疮。
一、主要病因
1、母亲因素：产妇产道感染了白色念球菌，胎儿出生时通过产道接触到母体的分泌物，容易引起念珠菌感染发生。据有关研究表明，正常的新生儿鹅口疮主要是出生经过母体产道所感染。
2、卫生因素：婴幼儿在喂养的时候，如果奶瓶和奶嘴消毒不彻底，也有可能会引起白色念珠菌感染的发生，从而引起婴幼儿鹅口疮的出现。另外，在哺乳的时候，如果乳头和乳晕没有清洁干净，也有可能会引起鹅口疮。
3、免疫因素：新生儿的自身抵抗力低下，而且口腔黏膜比较娇嫩，如果有轻微损伤，细菌等病原体都有可能会趁机侵入，从而使引起新生儿伤口发生继发感染，进而导致鹅口疮的形成。
4、环境因素：在幼儿园过集体生活，有时因交叉感染可患鹅口疮。
5、药物因素：应用抗生素对有害细菌有一定的杀灭作用，但同时抗生素也有可能将机体有益的细菌杀灭，引起菌群紊乱的发生，从而导致白色念珠菌的异常生长，进而导致鹅口疮的发生。
二、诱发因素
1、念珠菌感染与自身免疫功能异常：病原体可能直接或间接通过自身异常免疫屏障感染机体。
2、不适当激素使用：糖皮质激素的使用导致机体的菌群失调，真菌感染几率上升，诱发鹅口疮发作，如雾化吸入激素治疗哮喘，口服激素治疗肾病综合征等。
3、化疗药物使用造成机体抵抗力下降、菌群失调，真菌繁殖抑制正常菌群生长。