先天性巨结肠在小儿外科病例中并不少见，先天性巨结肠的分类主要包括短段型、常见型、长段型、全结肠型。
不同种类的先天性巨结肠术后所导致的后遗症或者说并发症也不尽相同，早期的并发症主要包括出血、感染、肛门回缩，远期的并发症主要是包括排便功能的障碍如便秘、便失禁、污粪等。越是长段的巨结肠，术后发生并发症的可能性越大，因为手术的难度比较高。
另外，手术后遗症主要和手术的时机也有密切的关系，一般婴幼儿期的巨结肠术后并发症的发生率较低，儿童期的巨结肠发生并发症的几率相对高一些，这也和肠道准备、营养情况等息息相关。